Regulation of<i>toxA</i>by PtxR in<i>Pseudomonas aeruginosa</i>PA103
Notice bibliographique
Résumé
Exotoxin A (ETA) production in Pseudomonas aeruginosa requires the regulatory locus regAB. Pseudomonas aeruginosa PA103 produces significantly higher levels of ETA than the prototypic strain PAO1 does, partly because of differences in the regAB locus. Other factors that contribute to this variation are not known. We previously described the P. aeruginosa gene ptxR that positively regulates production of ETA through regAB. ETA production was enhanced but still iron regulated in the PAO1 strain PAO1-XR that carries two copies of ptxR on its chromosome. Here we determine whether ptxR regulation of ETA is different in PA103. In contrast to PAO1-XR, ETA activity produced by PA103-2R, a PA103 strain carrying two copies of ptxR, is enhanced tenfold and partially deregulated in the presence of iron. Real-time PCR transcriptional analysis showed that the copy number of toxA mRNA in PA103-2R is significantly higher than in PA103 in both the presence and absence of iron, yet no similar increase in either regAB or ptxR mRNA copy number was detected. The integrated plasmid together with adjoining DNA was retrieved from the PA103-2R chromosome to determine whether integration-induced DNA changes played a role in this phenotype. Introduction of the retrieved plasmid in PA103 produced a phenotype similar to that of PA103-2R. Sequence analysis of the plasmid revealed the loss of 322 bp within the region 3' of ptxR. A plasmid construct carrying a 4-bp insertion in this same region produced in PA103 a phenotype similar to that of PA103-2R. Our results suggest that the effect of ptxR on toxA expression is different in PA103 than in PAO1 and that this variation in PA103-2R does not occur solely through regAB. Changes within the region 3' of ptxR are critical for the production of the unique PA103-2R phenotype, which occurs in trans and requires intact ptxR, but is not caused by ptxR overexpression.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».