Molecular Evolution of Regulatory Genes in Spruces from Different Species and Continents: Heterogeneous Patterns of Linkage Disequilibrium and Selection but Correlated Recent Demographic Changes
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Notice bibliographique
Résumé
Genes involved in transcription regulation may represent valuable targets in association genetics studies because of their key roles in plant development and potential selection at the molecular level. Selection and demographic signatures at the sequence level were investigated for five regulatory genes belonging to the knox-I family (KN1, KN2, KN3, KN4) and the HD-Zip III family (HB-3) in three Picea species affected by post-glacial recolonization in North America and Europe. To disentangle neutral and selective forces and estimate linkage disequilibrium (LD) on a gene basis, complete or nearly complete gene sequences were analysed. Nucleotide variation within species, haplotype structure, LD, and neutrality tests, in addition to coalescent simulations based on Tajima's D and Fay and Wu's H, were estimated. Nucleotide diversity was generally low in all species (average pi = 0.002-0.003) and much heterogeneity was seen in LD and selection signatures among genes and species. Most of the genes harboured an excess of both rare and frequent alleles in the three species. Simulations showed that this excess was significantly higher than that expected under neutrality and a bottleneck during the Last Glacial Maximum followed by population expansion at the Pleistocene/Holocene boundary or shortly after best explains the correlated sequence patterns. These results indicate that despite recent large demographic changes in the three boreal species from two continents, species-specific selection signatures could still be detected from the analysis of nearly complete regulatory gene sequences. Such different signatures indicate differential subfunctionalization of gene family members in the three congeneric species.
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
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score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle