Abstract 5226: Liver and blood miRNA alterations as putative biomarkers of hepatotoxic response to short-term furan exposure in mice
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Epigenetic miRNA-based changes measured in accessible matrices may serve as useful biomarkers of environmental exposures and human health effects. We investigated miRNA profiles following short-term exposure to a known cytotoxic hepatocarcinogen, furan. We measured global liver and blood miRNA changes in female B3C6F1 mice exposed to furan for 3 weeks p.o. at daily doses of 0, 1, 2, 4, and 8 mg/kg. Small RNA was extracted from frozen samples using Exiqon miRCURY RNA Isolation kit and quantified by Qubit. RNA quality was checked by Nanodrop and Bioanalyzer, and liver miRNA were measured by miRNA-seq on the Illumina HiScanSQ platform. Blood miRNA were measured from pooled RNA samples by Affymetrix GeneChip v3 microarrays. In the liver, the 1, 2, 4, and 8 mg/kg doses resulted in 0, 10, 17 and 14 differentially altered miRNAs, respectively (>1.5-fold; B-H corrected p-value<0.05). The majority of miRNA changes in the low-dose exposure group (2mg/kg) were not seen with other treatments (7 of 10 miRNA). Conversely, most altered miRNA observed with high-dose (4 or 8 mg/kg) exposures were shared (10 miRNA), indicating different miRNA-mediated pathways for non-carcinogenic and carcinogenic furan exposures. Using Ingenuity Pathway Analysis (IPA), liver miRNAs altered by the carcinogenic doses of furan (4 and 8 mg/kg) significantly enriched (B-H corrected p-value<0.05) functions related to cellular development, growth and proliferation, movement, cell cycle, death and survival; other categories identified by IPA were related to hepatotoxicity, liver inflammation, and cancer. Using predicted miRNA-mRNA interactions, 68 mRNAs were expressed in a contrasting pattern to miRNA expression (upregulated miRNA/downregulated mRNAs and vice versa). Associated mRNAs showed enrichment of pathways similar to miRNAs. Measurements in whole blood samples indicated that 6 out of the 21 miRNAs altered by the carcinogenic doses of furan were also altered in the blood (4 in the same direction). Blood miRNAs included mmu-miR-34a, -146b, -183, -5099 (upregulated), and -10a, -99b (downregulated). Results demonstrate distinctive miRNA profiles in rodent liver for carcinogenic doses of furan with corresponding changes for a subset of liver miRNAs in blood. Our findings support ongoing efforts to identify novel miRNA biomarkers in accessible matrices related to environmental health effects. This abstract does not necessarily reflect the policy of the US EPA. Citation Format: Brian Norris Chorley, Gail Nelson, Gleta Carswell, Holly Mortensen, James Crooks, William Ward, Charles Wood, Anna F. Jackson, Carole Yauk, Les Recio, Susan Hester. Liver and blood miRNA alterations as putative biomarkers of hepatotoxic response to short-term furan exposure in mice. [abstract]. In: Proceedings of the 105th Annual Meeting of the American Association for Cancer Research; 2014 Apr 5-9; San Diego, CA. Philadelphia (PA): AACR; Cancer Res 2014;74(19 Suppl):Abstract nr 5226. doi:10.1158/1538-7445.AM2014-5226
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».