Comparative Analysis of Molecular Structure, Function and Expression of Buffalo (Bubalus bubalis) Toll-Like Receptor 9
Notice bibliographique
Résumé
Toll-like receptor 9 (TLR9) has been characterized as a receptor that recognizes unmethylated CpG motif and triggers a pro-inflammatory cytokine response that influences both innate and adaptive immunity. Buffalo is an economically important livestock species in many Asian and Mediterranean countries, but there is little information available on its TLR9 structure and response to stimulation with its agonist CpG-ODNs. Hence in this study, we report the analysis of newly sequenced buffalo TLR9 gene fragment. In this study, buffalo TLR9 amino acid sequence revealed close association of TLR9 proteins within other bovines and small ruminants; but high divergence from other species. Multiple alignment of deduced amino acid sequence of Bubalus bubalis TLR9 with other species showed that 156/201 (74.28%) amino acids were conserved in all species. Leucine rich repeat (LRR) motifs in the ectodomain of TLR9 are responsible for molecular recognition of its agonist. The LRR pattern of Bubalus bubalis TLR9 protein was predicted towards N-terminal sequence and was found to be conserved among all species except Rattus norvegicus and Equus caballus. Blast analysis of buffalo TLR9 sequence with single nucleotide polymorphisms (SNPs) database revealed 13 SNPs out of which 7 were cds-synonymous and 6 were of the functional significance. Furthermore, kinetics of TLR9 and proinflammatory IL-1β and TNF-α cytokine expression by buffalo PBMCs influenced by CpG-ODN is also discussed.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».