An In-depth Analysis of a Multilocus Phylogeny Identifies <i>Leu</i> S As a Reliable Phylogenetic Marker for the Genus <i>Pantoea</i>
Pourquoi ce travail est dans la base
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Notice bibliographique
Résumé
Partial sequences of six core genes (fusA, gyrB, leuS, pyrG, rlpB, and rpoB) of 37 strains of Pantoea species were analyzed in order to obtain a comprehensive view regarding the phylogenetic relationships within the Pantoea genus and compare tree topologies to identify gene(s) for reliable species and subspecies differentiation. All genes used in this study were effective at species-level delineation, but the internal nodes represented conflicting common ancestors in fusA- and pyrG-based phylogenies. Concatenated gene phylogeny gave the expected DNA relatedness, underscoring the significance of a multilocus sequence analysis. Pairwise comparison of topological distances and percent similarities indicated a significant differential influence of individual genes on the concatenated tree topology. leuS- and fusA-inferred phylogenies exhibited, respectively, the lowest (4) and highest (52) topological distances to the concatenated tree. These correlated well with high (96.3%) and low (64.4%) percent similarities of leuS- and fusA-inferred tree topologies to the concatenated tree, respectively. We conclude that the concatenated tree topology is strongly influenced by the gene with the highest number of polymorphic and non-synonymous sites in the absence of significant recombination events.
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle