Root rot and distortion of ginseng seedling roots caused by<i>Fusarium oxysporum</i>
Notice bibliographique
Résumé
Stunted ginseng (Panax quinquefolius) seedlings with distorted roots as a result of girdling of the taproot and rotting of the root tips were observed in British Columbia and Ontario in 2005 in four fields of 1- or 2-year-old plants. Isolation from affected root tissues yielded >90% recovery of Fusarium oxysporum. Population levels of the fungus were up to 40-fold higher in the rhizosphere of affected plants compared with that of healthy plants. Inoculation of 1-year-old seedlings with four isolates of F. oxysporum under greenhouse conditions resulted in rotting of root tips, brown discolouration and death of lateral roots, followed by distortion of the taproots at a frequency of 52%-70%. DNA of F. oxysporum was detected in flowers, green berries, ripe berries, and seeds of ginseng using a DNA hybridization array. Stratified seeds showed up to an 80% incidence of F. oxysporum both in the seed coat and endosperm. Isolates of F. oxysporum from ginseng grew best under laboratory conditions at 25–30 °C and pH 5.7–6.8. Mycelial growth was significantly reduced by 10 µg/mL of the fungicides benomyl, propiconazole, fludioxonil, and thiophanate-methyl. Phylogenetic comparisons of the sequence a portion of the elongation factor-1 alpha gene grouped all 13 isolates of F. oxysporum from ginseng with 21 isolates of F. oxysporum from a range of other hosts. Inoculum of F. oxysporum originating from straw mulch or soil in ginseng gardens, together with seedborne inoculum, may be primary sources for infection of seedling roots. Key words: damping-off, molecular detection, root girdling, seedborne pathogen. En 2005, dans quatre champs de la Colombie-Britannique et de l'Ontario o[ugrave] poussaient des plants de 1 ou 2 ans, on a observé des plantules de ginseng (Panax quinquefolius) rabougries dont les racines étaient déformées à cause de la nécrose de leurs extrémités et de l'annélation du pivot. L'isolement de tissus infectés provenant de racines a révélé la présence de Fusarium oxysporum, et ce, dans des proportions dépassant les 90 %. Les taux de population de champignon enregistrés dans la rhizosphère des plants infestés étaient jusqu'à 40 fois plus élevés que chez des plants sains. L'inoculation, en serre, de plantules de un an avec quatre isolats de F. oxysporum a provoqué la nécrose des extrémités des racines, l'apparition d'une teinte brunâtre ainsi que la mort des racines secondaires, suivie de la déformation des pivots, et ce, dans une proportion variant de 52 % à 70 %. Dans les jeux d'échantillons faisant appel à l'hybridation de l'ADN, on a trouvé l'ADN de F. oxysporum sur les fleurs, les baies vertes, les baies mures et les graines du ginseng. Les graines stratifiées affichaient une incidence de F. oxysporum de près de 80 %, et sur le tégument et sur l'endosperme. Les isolats de F. oxysporum provenant du ginseng ont davantage proliféré en laboratoire quand la température variait de 25 à 30 °C et le pH, de 5,7 à 6,8. La croissance mycélienne a été inhibée de façon notable par l'utilization de 10 µg/mL de bénomyl, de propiconazole, de fludioxonil et de méthyle de thiophanate. Les comparaisons phylogénétiques d'une portion de la séquence du gène porteur du facteur d'élongation-1 alpha ont permis d'associer les 13 isolats de F. oxysporum provenant du ginseng et 21 isolats de F. oxysporum issus d'une gamme d'hôtes divers. Les inoculums provenant du paillis ou de la terre des parcelles o[ugrave] l'on cultive le ginseng, en plus des inoculums portés par les semences, semblent être les principales causes d'infection des racines des plantules. Mots-clés : fonte des semis, détection moléculaire, annélation de la racine, agent pathogène porté par les semences.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».