Balony:a software package for analysis of data generated by synthetic genetic array experiments
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: Synthetic Genetic Array (SGA) analysis is a procedure which has been developed to allow the systematic examination of large numbers of double mutants in the yeast Saccharomyces cerevisiae. The aim of these experiments is to identify genetic interactions between pairs of genes. These experiments generate a number of images of ordered arrays of yeast colonies which must be analyzed in order to quantify the extent of the genetic interactions. We have designed software that is able to analyze virtually any image of regularly arrayed colonies and allows the user significant flexibility over the analysis procedure. RESULTS: "Balony" is freely available software which enables the extraction of quantitative data from array-based genetic screens. The program follows a multi-step process, beginning with the optional preparation of plate images from single or composite images. Next, the colonies are identified on a plate and the pixel area of each is measured. This is followed by a scoring module which normalizes data and pairs control and experimental data files. The final step is analysis of the scored data, where the strength and reproducibility of genetic interactions can be visualized and cross-referenced with information on each gene to provide biological insights into the results of the screen. CONCLUSIONS: Analysis of SGA screens with Balony can be either automated or highly interactive, enabling the user to customize the process to their specific needs. Quantitative data can be extracted at each stage for external analysis if required. Beyond SGA, this software can be used for analyzing many types of plate-based high-throughput screens.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,010 | 0,014 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,004 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,004 | 0,003 |
| Bibliométrie | 0,005 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,003 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,005 | 0,003 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,005 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,102 | 0,052 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».