Microsatellite variability among wild and cultivated hops (<i>Humulus</i><i>lupulus</i>L.)
Notice bibliographique
Résumé
Hop (Humulus lupulus L.) is a dioecious perennial plant native to the northern hemisphere cultivated for its use in the brewing industry. To investigate the genetic diversity present in wild hop accessions in comparison with cultivated hops, microsatellite marker variation was assessed at four loci in 124 accessions of wild (from Europe, Asia and from North America) and cultivated (varieties and breeding lines) hops. A total of 63 alleles were identified, with an average of 15.7 alleles per locus and an average PIC of 0.64 over four loci. The average number of alleles per locus in groups of accessions ranged from 5.75 to 8.30, with the highest number detected in groups of wild hops either of European (EU) or North American (NA) origin. Accessions from NA revealed the highest number of unique alleles indicating the high diversity present in this gene pool. Cluster analysis based on the D(D) or D(sw) distance matrix divided accessions into 10 different clusters, which reflect the relationship among geographically diverse wild accessions and hop cultivars. The highest genetic differences were found between NA wild accessions, forming one distant cluster, and all the other accessions. The differentiation between European wild and cultivated accessions was revealed by PCoA based on the D(D) distance matrix and by AMOVA results. Cultivated hops differ significantly from wild ones, although most of the variability was found within groups. The molecular variances within groups of cultivated and wild hops were homogeneous, suggesting that a similar level of molecular variability is found in both groups of accessions. The analysis of allele polymorphism and of allele sequences showed that hop germplasm can be differentiated to NA and EU geographic types according to the differences of allele sizes at three loci or by the specific microsatellite repeat type at one locus. The analysis also indicates the different evolutionary dynamics and complex mutations of microsatellite sequences within loci that can be followed in the two biogeographically separated germplasms.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».