Characterization of the Trans Watson-Crick GU Base Pair Located in the Catalytic Core of the Antigenomic HDV Ribozyme
Notice bibliographique
Résumé
The HDV ribozyme's folding pathway is, by far, the most complex folding pathway elucidated to date for a small ribozyme. It includes 6 different steps that have been shown to occur before the chemical cleavage. It is likely that other steps remain to be discovered. One of the most critical of these unknown steps is the formation of the trans Watson-Crick GU base pair within loop III. The U(23) and G(28) nucleotides that form this base pair are perfectly conserved in all natural variants of the HDV ribozyme, and therefore are considered as being part of the signature of HDV-like ribozymes. Both the formation and the transformation of this base pair have been studied mainly by crystal structure and by molecular dynamic simulations. In order to obtain physical support for the formation of this base pair in solution, a set of experiments, including direct mutagenesis, the site-specific substitution of chemical groups, kinetic studies, chemical probing and magnesium-induced cleavage, were performed with the specific goal of characterizing this trans Watson-Crick GU base pair in an antigenomic HDV ribozyme. Both U(23) and G(28) can be substituted for nucleotides that likely preserve some of the H-bond interactions present before and after the cleavage step. The formation of the more stable trans Watson-Crick base pair is shown to be a post-cleavage event, while a possibly weaker trans Watson-Crick/Hoogsteen interaction seems to form before the cleavage step. The formation of this unusually stable post-cleavage base pair may act as a driving force on the chemical cleavage by favouring the formation of a more stable ground state of the product-ribozyme complex. To our knowledge, this represents the first demonstration of a potential stabilising role of a post-cleavage conformational switch event in a ribozyme-catalyzed reaction.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».