Brønsted Analysis of an Enzyme-Catalyzed Pseudo-Deglycosylation Reaction: Mechanism of Desialylation in Sialidases
Notice bibliographique
Résumé
The Micromonospora viridifaciens Y370G inverting mutant sialidase has been found to possess beta-sialidase activity with various fluoro-substituted phenyl beta-sialosides. A reagent panel of seven mono- and difluorophenyl beta-d-sialosides was synthesized, and these compounds were used, in conjunction with the parent phenyl beta-d-sialoside, to probe the mechanism of M. viridifaciens Y370G mutant sialidase-catalyzed hydrolyses. These hydrolysis reactions mimic the deglycosylation reaction step of the crucial tyrosinyl enzyme-bound intermediate that is formed during the corresponding wild-type sialidase reactions. The derived Brønsted parameter (beta(lg)) on k(cat)/K(m) is -0.46 +/- 0.02 for the four substrates that display significant activity, and these span a range of leaving group abilities (as judged by the pK(a) of their conjugate acids being between 7.09 and 9.87). The 4-fluoro, 2,3- and 2,5-difluorosubstrates display a diminished activity, whereas the 3,5-difluoro compound undergoes catalyzed hydrolysis exceedingly slowly. These observations, taken with solvent deuterium kinetic isotope effects (k(H(2))(O)/k(D(2))(O)) on the catalyzed hydrolysis of the 2-fluorophenyl substrate of 0.88 +/- 0.24 (k(cat)/K(m)) and 1.16 +/- 0.12 (k(cat)) and the poor inhibition shown by phenol (IC(50) > 1 mM), are consistent with glycosidic C-O cleavage being rate determining for both k(cat)/K(m) and k(cat) with little or no protonation of the departing aryloxide leaving group. The kinetic data reported herein are consistent with rate-limiting glycoside hydrolysis occurring via two distinct transition states that incorporates a nonproductive binding component for the tighter binding substrates.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».