Abstract 4289: Using the right tools: A catalog of ovarian cancer cell lines by subtype
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Ovarian cancer cell lines provide an important tool in exploring disease phenotypes and biology. Within the spectrum of ovarian epithelial cancers at least five histologically distinguishable unique diseases exist: high-grade serous, clear cell, endometrioid, mucinous, and low-grade serous. While sharing a common site of presentation, these ovarian cancer types exhibit distinct genomic signatures, clinical characteristics and treatment responses. Thus, the critical interpretation of the results of cell based experiments performed in in-vitro and in-vivo model systems of ovarian cancer first requires characterization of the disease subtype each model represents. Our group has recently used a minimal panel of nine immunohistochemical (IHC) markers, termed “COSP” (Calculator for Ovarian carcinoma Subtype Prediction), to predict each ovarian cancer type. Application of COSP has suggested that as many as 19% of primary ovarian cancer samples may be misclassified prior to an expert review. Commonly used cell lines are rarely classified into ovarian cancer types, confounding interpretation of results and potentially delaying transition of basic research to clinically relevant application. We now apply COSP for typing commonly used ovarian cancer cell lines, as well as in-house derived xenografts, and primary culture models. The COSP immuno-predictive tool is combined with molecular and mutational data to support each cell line's subtype prediction while primary tumour types are compared to their derivative cell lines. We now present an extensive panel of accurately classified ovarian cancer cell lines to facilitate disease specific analysis of the biology of ovarian cancer. Citation Format: {Authors}. {Abstract title} [abstract]. In: Proceedings of the 102nd Annual Meeting of the American Association for Cancer Research; 2011 Apr 2-6; Orlando, FL. Philadelphia (PA): AACR; Cancer Res 2011;71(8 Suppl):Abstract nr 4289. doi:10.1158/1538-7445.AM2011-4289
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,003 | 0,005 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,005 | 0,007 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».