Rho-dependent Termination of ssrS (6S RNA) Transcription in Escherichia coli
Notice bibliographique
Résumé
It is well known that 6S RNA, a global regulatory noncoding RNA that modulates gene expression in response to the cellular stresses in Escherichia coli, is generated by processing from primary ssrS (6S RNA) transcripts derived from two different promoters. The 5' processing of 6S RNA from primary transcripts has been well studied; however, it remains unclear how the 3'-end of this RNA is generated although previous studies have suggested that exoribonucleolytic trimming is necessary for 3' processing. Here, we describe several Rho-dependent termination sites located ∼90 bases downstream of the mature 3'-end of 6S RNA. Our data suggest that the 3'-end of 6S RNA is generated via exoribonucleolytic trimming, rather than endoribonucleolytic cleavage, following the transcription termination events. The termination sites identified in this study are within the open reading frame of the downstream ygfA (putative 5-formyl-tetrahydrofolate cyclo-ligase) gene, a part of the highly conserved bacterial operon ssrS-ygfA, which is up-regulated during the biofilm formation. Our findings reveal that ygfA expression, which also aids the formation of multidrug-tolerant persister cells, could be regulated by Rho-dependent termination activity in the cell.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».