MétaCan
Menu
Retour à la cohorte
Enregistrement W2083488461 · doi:10.1158/1538-7445.am2011-3916

Abstract 3916: PML nuclear bodies are juxtaposed to DNA-DSBs following IR-induced DNA damage

2011· article· en· W2083488461 sur OpenAlexaff
Kenneth Chor Kin Tse, Shane M. Harding, Gaetano Zafarana, Kashif Ahmed, Graham Dellaire, David P. Bazett‐Jones, Robert G. Bristow

Notice bibliographique

RevueCancer Research · 2011
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueRetinoids in leukemia and cellular processes
Établissements canadiensDalhousie UniversityHospital for Sick ChildrenUniversity of TorontoOntario Institute for Cancer Research
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésDNA damagePromyelocytic leukemia proteinDNAMolecular biologyComet assayDNA repairRAD51BiologyDNA replicationNuclear proteinCell biologyChemistryGeneticsTranscription factor

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract The promyelocytic leukemia (PML) tumor suppressor protein aggregates in discrete PML nuclear bodies (PML-NBs) that are detectable by immunofluorescent microscopy. PML-NB number can change in response to cell cycle and various cell stresses, including DNA damage. Intra-nuclear γH2AX foci form following ionizing radiation (IR) as a function of dose and time and are used as an indicator of DNA double strand breaks (DNA-DSBs). However, whether PML-NBs are associated with exogenous or endogenous (e.g. DNA replication associated) damage was unclear. Using G0-G1 synchronized human fibroblast (GM05757) to exclude endogenous DNA damage, we examined the intra-nuclear locales of γH2AX and other DNA repair biomarkers with respect to PML-NBs following IR. PML +/+ and -/- MEFs did not vary in DNA-DSB repair based on comet assay. Consistent with this, PML-NBs did not respond to immediate DNA damage. However, 3D-confocal microscopy studies showed that PML-NBs associated with the majority of residual γH2AX sites at later times (24h post-IR). Using quantitative microscopy, these associations were distinguishable as juxtaposition and not true co-localization (i.e., between γH2AX and DSB marker 53BP1). Continued presence of damage sensing and signaling proteins (MRE11, NBS1, MDC1 and 53BP1) and persistent kinase activity (DNA-PK, ATM, CHK2) was observed at these residual γH2AX sites. Absence of RAD51 and BRCA1 indicated that these were not replication-associated breaks and the exclusion of TRF2 suggested that these were not telomeric regions; rather PML-NBs associated specifically with unrepaired exogenous DSBs. Residual γH2AX sites were not enriched in eu- or heterochromatin. Interestingly, scanning electron imaging revealed a lower chromatin density near residual γH2AX foci, suggesting chromatin remodeling in the vicinity of unrepaired breaks. Live cell experiment using GFP-PML IV and mCherry-53BP1tudor domain suggested that PML-NB mobility facilitated the association with residual 53BP1 foci. Our data suggests that maintenance of genomic stability may depend, in part, on the association between PML-NBs and residual γH2AX foci. Citation Format: {Authors}. {Abstract title} [abstract]. In: Proceedings of the 102nd Annual Meeting of the American Association for Cancer Research; 2011 Apr 2-6; Orlando, FL. Philadelphia (PA): AACR; Cancer Res 2011;71(8 Suppl):Abstract nr 3916. doi:10.1158/1538-7445.AM2011-3916

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,027
Score d'incertitude au seuil0,829

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0010,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,088
Tête enseignante GPT0,362
Écart entre enseignants0,273 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2011
Routes d'admission1
Résumé présentoui

Explorer davantage

Même revueCancer ResearchMême sujetRetinoids in leukemia and cellular processesTravaux en français237 207