Notice bibliographique
Résumé
Obianyo and Thompson assigned a rapid equilibrium random mechanism to PRMT6 in their recent article (1.Obianyo O. Thompson P.R. Kinetic mechanism of protein arginine methyltransferase 6 (PRMT6).J. Biol. Chem. 2012; 287: 6062-6071Abstract Full Text Full Text PDF PubMed Scopus (33) Google Scholar). We disagree with their conclusions and assessment of our work (2.Lakowski T.M. Frankel A. A kinetic study of human protein arginine N-methyltransferase 6 reveals a distributive mechanism.J. Biol. Chem. 2008; 283: 10015-10025Abstract Full Text Full Text PDF PubMed Scopus (69) Google Scholar). PRMT crystal structures solved in complex with substrates and/or substrate analogs contradict their kinetic mechanism and support our sequential ordered mechanism in which S-adenosyl-l-methionine (AdoMet) binds first and S-adenosyl-l-homocysteine (AdoHcy) dissociates last from the enzyme because AdoMet/AdoHcy-binding pockets become buried underneath two α-helical segments when occupied (3.Zhang X. Zhou L. Cheng X. Crystal structure of the conserved core of protein arginine methyltransferase PRMT3.EMBO J. 2000; 19: 3509-3519Crossref PubMed Scopus (268) Google Scholar, 4.Yue W.W. Hassler M. Roe S.M. Thompson-Vale V. Pearl L.H. Insights into histone code syntax from structural and biochemical studies of CARM1 methyltransferase.EMBO J. 2007; 26: 4402-4412Crossref PubMed Scopus (102) Google Scholar, 5.Sack J.S. Thieffine S. Bandiera T. Fasolini M. Duke G.J. Jayaraman L. Kish K.F. Klei H.E. Purandare A.V. Rosettani P. Troiani S. Xie D. Bertrand J.A. Structural basis for CARM1 inhibition by indole and pyrazole inhibitors.Biochem. J. 2011; 436: 331-339Crossref PubMed Scopus (78) Google Scholar). Obianyo and Thompson did not reconcile their kinetic mechanism with any structural or biophysical studies of PRMTs. In our previous work, we used a MS-based assay to measure AdoHcy or methylated peptides where appropriate to directly quantify these products (2.Lakowski T.M. Frankel A. A kinetic study of human protein arginine N-methyltransferase 6 reveals a distributive mechanism.J. Biol. Chem. 2008; 283: 10015-10025Abstract Full Text Full Text PDF PubMed Scopus (69) Google Scholar). Our product inhibition studies for the monomethylated substrate provided solid evidence to support a sequential ordered mechanism. In contrast to our method, Obianyo and Thompson employed a gel-based assay to indirectly measure radioactivity associated with peptide methylation, where phosphorimages or raw densitometry data are not available for scrutiny. Their double-reciprocal plots consistently show line patterns indicative of the type of product inhibition claimed that do not fit with most of the data points displayed. The unfortunate consequence of their interpretation is a proposed kinetic mechanism for PRMT6 unsupported by their own experimental results and what has been reported in the literature (2.Lakowski T.M. Frankel A. A kinetic study of human protein arginine N-methyltransferase 6 reveals a distributive mechanism.J. Biol. Chem. 2008; 283: 10015-10025Abstract Full Text Full Text PDF PubMed Scopus (69) Google Scholar, 3.Zhang X. Zhou L. Cheng X. Crystal structure of the conserved core of protein arginine methyltransferase PRMT3.EMBO J. 2000; 19: 3509-3519Crossref PubMed Scopus (268) Google Scholar, 4.Yue W.W. Hassler M. Roe S.M. Thompson-Vale V. Pearl L.H. Insights into histone code syntax from structural and biochemical studies of CARM1 methyltransferase.EMBO J. 2007; 26: 4402-4412Crossref PubMed Scopus (102) Google Scholar, 5.Sack J.S. Thieffine S. Bandiera T. Fasolini M. Duke G.J. Jayaraman L. Kish K.F. Klei H.E. Purandare A.V. Rosettani P. Troiani S. Xie D. Bertrand J.A. Structural basis for CARM1 inhibition by indole and pyrazole inhibitors.Biochem. J. 2011; 436: 331-339Crossref PubMed Scopus (78) Google Scholar).
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».