Abstract 2462: Coiled-coil domain 68 (CCDC68) plays a tumor suppressive role in pancreatic adenocarcinoma
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Pancreatic ductal adenocarcinoma (PDAC) is driven by somatic alterations. Recent studies revealed that most genetic alterations are represented by rare mutations in many genes that are either drivers or passengers of PDAC. Using integrative genomics and functional screenings we identified coiled-coil domain 68 (CCDC68) as a putative tumor suppressor (TSG) in PDAC. Combination of Q-RT-PCR and FISH analysis revealed CCDC68 allelic losses in 50% of PDAC cell lines and 44% of primary patient xenografts. 21% of PDAC cell lines and primary patient xenografts also showed decreased levels of CCDC68 mRNA and protein. We also report the discovery of an unstable novel alternate splice variant (SNP rs. 1344011) of CCDC68 expressed by 30% of PDAC patients. Overexpression of full length CCDC68 (CCDC68wt) in PANC-1 and Hs.766T cell lines significantly decreased their cell proliferation, anchorage-independent growth and in vivo tumorigenicity in scid mice. However, the overexpression of novel transcript CCDC68 variant did not affect the cell proliferation or tumorigenicity potential of PANC-1 cells. Finally, we identified that CCDC68 negatively regulates MAPK signalling independently of KRAS status. In conclusion, CCDC68 loss-of-function through copy loss, mRNA downregulation and truncated protein expression suppresses the tumorigenicity of PDAC cell lines suggesting that CCDC68 is a candidate novel TSG in PDAC. Citation Format: Nikolina Radulovich, Lisa Leung, Emin Ibrahimov, Roya Navab, Shingo Sakashita, William Lockwood, Kelsie Thu, Yaroslav Fedeshyn, Jason Moffat, Wan Lam, Ming Tsao. Coiled-coil domain 68 (CCDC68) plays a tumor suppressive role in pancreatic adenocarcinoma. [abstract]. In: Proceedings of the 105th Annual Meeting of the American Association for Cancer Research; 2014 Apr 5-9; San Diego, CA. Philadelphia (PA): AACR; Cancer Res 2014;74(19 Suppl):Abstract nr 2462. doi:10.1158/1538-7445.AM2014-2462
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».