A comparison of stock and individual identification for sockeye salmon (Oncorhynchus nerka) in British Columbia provided by microsatellites and single nucleotide polymorphisms
Notice bibliographique
Résumé
Variation at 14 microsatellite loci, one major histocompatibility complex (MHC) locus, and 49 single nucleotide polymorphism (SNPs) loci was surveyed in 44 populations of sockeye salmon ( Oncorhynchus nerka ) over 16 regions from southern and central British Columbia, Canada. Sequential addition of the five highest rated SNPs to the suite of 14 microsatellites provided the equivalent average accuracy when compared with the current suite of microsatellites and MHC. Six microsatellites provided the equivalent average stock identification resolution and individual assignment accuracy compared with 46 SNPs. For regional stock compositions, 53–104 SNPs were projected to be required to provide accuracy and precision equivalent to the microsatellites. For population-specific stock compositions, 75–79 SNPs were projected to be required to provide accuracy and precision equivalent to the microsatellites. Equivalency in individual assignment accuracy to region was estimated to require 100 SNPs of the quality evaluated in the study, whereas equivalent accuracy in assignment to specific populations was estimated to require 124 SNPs. Applications that incorporate the existing power of a combined microsatellite–SNP approach are the best current technique available for sockeye salmon stock identification applications in southern British Columbia.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,004 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».