Genotype, serotype, and phylogenetic characterization of the complete genome sequence of hepatitis B virus isolates from Malawian chronic carriers of the virus
Notice bibliographique
Résumé
Hepatitis B virus (HBV) genotypes have distinct geographical distribution. HBV sequences among hepatitis B carriers in Malawi have not been evaluated thus far. HBsAg serotype and genotype of HBV was determined in 20 serum samples from Malawian chronic HBV carriers, and two complete genomes and 13 entire pre-S2/S genes were sequenced directly. Genotype A HBV isolates were found in all of the samples, and serotype with adw2 and ayw2 were detected in three and 17 samples, respectively. In phylogenetic analyses, two complete genomes were classified into a subgroup A' that was described previously in South African isolates of the virus, and were separated from HBV isolates in Western countries with nucleotide differences ranging from 4.1-6.2%. The separation of subgroup A' was also evident in the tree topology of the entire pre-S1/S2, X and precore/core region, but not evident in the small-S region. The nucleotide divergences in subgroup A' were higher than those among genotype A without subgroup A' in the complete genomes as well as each of four open reading frames. All of the 13 pre-S2/S sequences were classified into the subgroup A', and clustered with known HBV isolates with ayw2 in carriers from South Africa and Zimbabwe. Three amino acids in the pre-S2/S gene were characteristic of subgroup A' with ayw2. In conclusion, unique HBV isolates of subgroup A' with ayw2 are prevalent in Malawi, and subgroup A' with a relatively higher nucleotide diversity may be a HBV isolate characteristic of the indigenous population of some African countries.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».