Phylogenetic position of the apostome ciliates tested using the small subunit rRNA gene sequence
Notice bibliographique
Résumé
Apostome ciliates are exclusively symbionts, typically of crustaceans. Their life cycles are complex, but show remarkable similarities to ophyroglenines and to other symbiotic oligohymenophoreans, particularly those that undergo microstome–macrostome transformations. The highly modified structures around the cytostome—the rosette and x, y, and z kineties—have made the assessment of homologies to other groups of ciliates difficult. A description of the apostome somatic kinetids with well‐developed overlapping kinetodesmal fibrils suggested affinities with hymenostomes (Bradbury 1966. J. Protozool., 13:591). Further analysis of the ultrastructural features of the oral region of the tomite of Hyalophysa demonstrated homologies to the paroral and adoral ciliature of hymenostomes, confirming these affinities (Bradbury 1989. J. Protozool., 36:95). To test this hypothesis, we proposed to sequence the small subunit rRNA (SSrRNA) genes of apostomes. Specimens of Gymnodinioides sp. were collected from molts of the amphipod Marinogammarus obtusatus collected off the coast of Eastport, ME. Seawater was decanted from the substrate upon which tomonts had settled, and the dish was flooded with 70% ethanol. The ethanol‐fixed ciliates were collected by a micropipette, rinsed with distilled water, and DNA was extracted using the modified Chelex® protocol. The SSrRNA genes were amplified by PCR, and sequences obtained in both directions. Initial BLAST searches of the GenBank databases clearly demonstrated affinities with oligohymenophorean ciliates, particularly scuticociliates. In preliminary phylogenetic analyses which use likelihood, distance and parsimony methods, this relationship was confirmed. However, the apostome sequence diverged basal to the Subclasses Astomatia and Scuticociliatia consistent with the assignment of a Subclass Apostomatia within the Class Oligohymenophorea. We have made collections of Hyalophysa chattoni and anticipate that the SSrRNA gene sequences of this genus will confirm the relationship of apostomes to the oligohymenophoreans. Funded by NSERC Canada Discovery Grant to D. H. L.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
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score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».