The Role of Proline in the Membrane Re-entrant Helix of Caveolin-1
Notice bibliographique
Résumé
Caveolin-1 has a segment of hydrophobic amino acids comprising approximately residues 103-122. We have performed an in silico analysis of the conformational preference of this segment of caveolin-1 using PepLook. We find that there is one main group of stable conformations corresponding to a hydrophobic U bent model that would not traverse the membrane. Furthermore, the calculations predict that substituting the Pro(110) residue with an Ala will change the conformation to a straight hydrophobic helix that would traverse the membrane. We have expressed the P110A mutant of caveolin-1, with a FLAG tag at the N terminus, in HEK 293 cells. We evaluate the topology of the proteins with confocal immunofluorescence microscopy in these cells. We find that FLAG tag at the N terminus of the wild type caveolin-1 is not reactive with antibodies unless the cell membrane is permeabilized with detergent. This indicates that in these cells, the hydrophobic segment of this protein is not transmembrane but takes up a bent conformation, making the protein monotopic. In contrast, the FLAG tag at the N terminus of the P110A mutant is equally exposed to antibodies, before and after membrane permeabilization. We also find that the P110A mutation causes a large reduction of endocytosis of caveolae, cellular lipid accumulation, and lipid droplet formulation. In addition, we find that this mutation markedly reduces the ability of caveolin-1 to form structures with the characteristic morphology of caveolae or to partition into the detergent-resistant membranes of these cells. Thus, the single Pro residue in the membrane-inserting segment of caveolin-1 plays an important role in both the membrane topology and localization of the protein as well as its functions.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».