Interdomain and Membrane Interactions of CTP:Phosphocholine Cytidylyltransferase Revealed via Limited Proteolysis and Mass Spectrometry
Notice bibliographique
Résumé
CTP:phosphocholine cytidylyltransferase (CCT) is a multi-domain enzyme that regulates phosphatidylcholine synthesis. It converts to an active form upon binding cell membranes, and interdomain dissociations have been hypothesized to accompany this process. To identify these interdomain and membrane interactions, the tertiary structures of three forms of CCTalpha were probed by monitoring accessibility to proteases. Time-limited digestion with chymotrypsin or arginine C of soluble CCTalpha (CCT(sol)), phospholipid vesicle-bound CCT (CCT(mem)), and a soluble constitutively active CCT truncated at amino acid 236 generated complex mixtures of peptides that were resolved and identified by gel electrophoresis/immunoblotting and by matrix-assisted laser desorption/ionization-mass spectrometry, with or without coupling to capillary liquid chromatography. Identification of cleavage sites enabled assembly of peptide bond accessibility maps for each CCT form. Our results reveal a approximately 80-residue core within the catalytic domain (domain C) as the most inaccessible region in all three forms and the C-terminal phosphorylation domain as the most accessible. Membrane binding has little effect on the protease accessibility of these domains. To map the protease sites onto the catalytic domain, its three-dimensional structure was modeled from the atomic coordinates of glycerol-phosphate cytidylyltransferase (Protein Data Bank code 1COZ). The protease inaccessibility of most sites in domain C could be explained by burial or location within secondary structural elements. The accessibility of the N-terminal domain (domain N) was enhanced upon membrane binding. Residues Phe(234)-Leu(303) were inaccessible in CCT(mem), suggesting burial in the membrane. Surprisingly, residues Leu(274)-Leu(303) of this domain were also inaccessible in CCT(sol). We propose that this region is buried by interdomain contacts with domain N in CCT(sol). Membrane binding and burial of domain M in the lipid bilayer may disrupt this interaction, leading to increased exposure of sites in domain N.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».