Adaptive Time-Stepping Using Control Theory for the Chemical Langevin Equation
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Notice bibliographique
Résumé
Stochastic modeling of biochemical systems has been the subject of intense research in recent years due to the large number of important applications of these systems. A critical stochastic model of well-stirred biochemical systems in the regime of relatively large molecular numbers, far from the thermodynamic limit, is the chemical Langevin equation. This model is represented as a system of stochastic differential equations, with multiplicative and noncommutative noise. Often biochemical systems in applications evolve on multiple time-scales; examples include slow transcription and fast dimerization reactions. The existence of multiple time-scales leads to mathematical stiffness, which is a major challenge for the numerical simulation. Consequently, there is a demand for efficient and accurate numerical methods to approximate the solution of these models. In this paper, we design an adaptive time-stepping method, based on control theory, for the numerical solution of the chemical Langevin equation. The underlying approximation method is the Milstein scheme. The adaptive strategy is tested on several models of interest and is shown to have improved efficiency and accuracy compared with the existing variable and constant-step methods.
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle