Exploring relationships between mimic configuration, peptide conformation and biological activity in indolizidin‐2‐one amino acid analogs of gramicidin S*
Notice bibliographique
Résumé
Indolizidin-2-one amino acids (I2aas, 6S- and 6R-1) possessing 6S- and 6R-ring-fusion stereochemistry were introduced into the antimicrobial peptide gramicidin S (GS) to explore the relationships between configuration, peptide conformation and biological activity. Solution-phase and solid-phase techniques were used to synthesize three analogs with I2aa residues in place of the d-Phe-Pro residues at the turn regions of GS: [(6S)-I2aa4-5,4'-5']GS (2), [Lys2,2',(6S)-I2aa4-5,4'-5']GS (3) and [(6R)-I2aa4-5,4'-5']GS (4). Although conformational analysis of [I2aa4-5,4'-5']GS analogs 2-4 indicated that both ring-fusion stereoisomers of I2aa gave peptides with CD and NMR spectral data characteristic of GS, the (6S)-I2aa analogs 2 and 3 exhibited more intense CD curve shapes, as well as greater numbers of nonsequential NOE between opposing Val and Leu residues, relative to the (6R)-I2aa analog 4, suggesting a greater propensity for the (6S)-diastereomer to adopt the beta-turn/antiparallel beta-pleated sheet conformation. In measurements of antibacterial and antifungal activity, the (6S)-I2aa analog 2 exhibited significantly better potency than the (6R)-I2aa diastereomer 4. Relative to GS, [(6S)-I2aa4-5,4'-5']GS (2) exhibited usually 1/2 to 1/4 antimicrobial activity as well as 1/4 hemolytic activity. In certain cases, antimicrobial and hemolytic activities of GS were shown to be dissociated through modification at the peptide turn regions with the (6S)-I2aa diastereomer. The synthesis and evaluation of GS analogs 2-4 has furnished new insight into the importance of ring-fusion stereochemistry for turn mimicry by indolizidin-2-one amino acids as well as novel antimicrobial peptides.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».