Simple Sequence Repeats Linked with Slow Darkening Trait in Pinto Bean Discovered by Single Nucleotide Polymorphism Assay and Whole Genome Sequencing
Notice bibliographique
Résumé
ABSTRACT Seed coat darkening in pinto bean (Phaseolus vulgaris L.) primarily occurs during prolonged storage and can result in significant loss in value based on it being a consumer perceived product flaw. Several slow darkening (SD) pintos, conditioned by the presence of the recessive sd gene, exist but are poorly adapted. Breeding for improved SD pintos is complicated by the recessive inheritance and expression of the trait in maternal tissue. We sought to develop capacity for marker‐assisted selection (MAS) for the SD trait. Three F2 populations (159 individuals) derived from crosses between SD parents, representing two different sources (1533‐15 and SDIP‐1) for the trait, and commercial regular darkening (RD) pintos were used to screen for single nucleotide polymorphisms (SNPs) linked with the sd locus. Separate DNA pools from SD and from RD F2 individuals genotyped for the sd locus were used to detect putative sd‐linked SNPs using the bulked‐segregant analysis strategy. Two of 1536 SNPs differentiated between the SD and RD DNA bulks for all three populations. The whole genome sequence scaffold possessing the two SNPs was canvassed for simple sequence repeats (SSRs). Three of 12 SSRs from the SNP region distinguished between the SD and RD lines. The three SSRs, Pvsd‐1157, Pvsd‐1158, and Pvsd‐0028, were observed to be tightly linked with the sd locus at 0.9, 0.4, and 3.1 cM, respectively, across the F2 populations. The SSRs assayed across a recombinant inbred line mapping population (CDC Pintium × 1533‐15) placed the sd gene on bean linkage group 7 between framework SSR markers BM210 and PvBR35. A survey of SD and RD advanced lines and cultivars revealed the SSRs will have utility for MAS of the SD trait in pinto bean and perhaps in other dry bean market classes as well.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».