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Enregistrement W2084715654 · doi:10.1002/humu.9481

Low proportion of whole exon deletions causing phenylketonuria in Denmark and Germany

2007· article· en· W2084715654 sur OpenAlexaff
Lisbeth Birk Møller, Anders O.H. Nygren, Patrick Scott, Pia Hougaard, Jytte Bieber Nielsen, Caroline Hartmann, Flemming Güttler, Linda Tyfield, Johannes Zschocke

Notice bibliographique

RevueHuman Mutation · 2007
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueMetabolism and Genetic Disorders
Établissements canadiensMontreal Children's HospitalMcGill University Health Centre
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésMultiplex ligation-dependent probe amplificationExonBiologyGeneticsGene duplicationMutationAllelePhenylalanine hydroxylaseMolecular biologyMultiplexFrameshift mutationGenePhenylalanine

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Phenylketonuria (PKU) is an autosomal recessive genetic disorder caused by mutations of the gene encoding phenylalanine hydroxylase (PAH). More than 500 different PAH mutations have been identified and about 90% of these are single base mutations. Although the identification rate of the PAH mutations is generally very high, some variants remain unidentified. A fraction of these mutations are the result of genomic deletions or duplications, which are not recognized with standard PCR-based methods. Here we present the results of exon deletion or duplication analysis in a total of 34 families, in which two mutations had not been identified using conventional diagnostic screening techniques. Using multiplex ligation-dependent probe amplification (MLPA), we found a deletion covering exon 1 and exon 2 (c.1-?_168+?del) in one patient, a deletion of exon 3 (c.169-?_352+?del) in four patients, and a deletion of exon 5 (c.442-?_509+?del) in two patients. A deletion was thus detected in about 20% (7/34) of the families tested. Out of a combined cohort of 570 independent PKU patients from Denmark and Germany, exon deletions were identified in a total of four patients. The estimated allelic frequency of exon deletions in PKU patients in these two populations is therefore below 0.5%.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,711
Score d'incertitude au seuil0,265

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,009
Tête enseignante GPT0,272
Écart entre enseignants0,263 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations28
Publié2007
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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