Deamination of 6-Aminodeoxyfutalosine in Menaquinone Biosynthesis by Distantly Related Enzymes
Notice bibliographique
Résumé
Proteins of unknown function belonging to cog1816 and cog0402 were characterized. Sav2595 from Steptomyces avermitilis MA-4680, Acel0264 from Acidothermus cellulolyticus 11B, Nis0429 from Nitratiruptor sp. SB155-2 and Dr0824 from Deinococcus radiodurans R1 were cloned, purified, and their substrate profiles determined. These enzymes were previously incorrectly annotated as adenosine deaminases or chlorohydrolases. It was shown here that these enzymes actually deaminate 6-aminodeoxyfutalosine. The deamination of 6-aminodeoxyfutalosine is part of an alternative menaquinone biosynthetic pathway that involves the formation of futalosine. 6-Aminodeoxyfutalosine is deaminated by these enzymes with catalytic efficiencies greater than 10(5) M(-1) s(-1), Km values of 0.9-6.0 μM, and kcat values of 1.2-8.6 s(-1). Adenosine, 2'-deoxyadenosine, thiomethyladenosine, and S-adenosylhomocysteine are deaminated at least an order of magnitude slower than 6-aminodeoxyfutalosine. The crystal structure of Nis0429 was determined and the substrate, 6-aminodeoxyfutalosine, was positioned in the active site on the basis of the presence of adventitiously bound benzoic acid. In this model, Ser-145 interacts with the carboxylate moiety of the substrate. The structure of Dr0824 was also determined, but a collapsed active site pocket prevented docking of substrates. A computational model of Sav2595 was built on the basis of the crystal structure of adenosine deaminase and substrates were docked. The model predicted a conserved arginine after β-strand 1 to be partially responsible for the substrate specificity of Sav2595.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».