Molecular Cloning, Characterization and Functional Analysis of the Genes Encoding DXR and DXS, the Two Enzymes in the MEP Pathway, from Amomum villosum Lour
Notice bibliographique
Résumé
Amomum villosum Lour. (officinal name Fructus Amomi) is one of the most well-known and authentic herbs in South China. Monoterpenes in its volatile oil are the main medicinal compounds. The condensation of pyruvate with D-glyceraldhyde-3-phosphate to form 1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate (DXP) catalyzed by DXP synthase (DXS, EC: 2.2.1.7) and the conversion of DXP to 2-C-methyl-D-erythritol-4-phosphate (MEP), catalyzed by DXP reductoisomerase (DXR, EC:1.1.1.267), are the initial steps of the MEP pathway for isoprenoid biosynthesis. A DXR gene, AvDXR (GenBank accession no. FJ459894), and a DXS gene, AvDXS (FJ455512), were isolated from the leaves of Amomum villosum. The 1749-bp full-length cDNA of AvDXR contained a 1416-bp open reading frame (ORF) encoding a peptide of 472 amino acids, and the 2347-bp full-length cDNA of AvDXS contained a 2148-bp ORF encoding a peptide of 715 amino acids. The deduced amino acid sequences of the AvDXR and AvDXS proteins shared high homology with DXRs and DXSs from other plant species, respectively, and the AvDXS belonged to class 1 plant DXS. Chloroplast transit peptides were found in the N-terminal region of AvDXR and AvDXS. A proline-rich region, two highly conserved NADPH-binding domains and two substrate-binding domains consistent with the enzymatic functions of DXR were found in AvDXR. AvDXS contained a TPP-binding domain and a DRAG domain related to the catalysis of DXS. The functional color assay in Escherichia coli with pAC-BETA implied that AvDXR and AvDXS encoded functional proteins that manipulate the biosynthesis of isoprenoid precursors. Both AvDXR and AvDXS were expressed extensively in the leaves, stems, roots, pericarps and seeds of A. villosum. AvDXS expression was similar in all tissues investigated, whereas higher levels of AvDXR were observed in the fruits, the main part for the accumulation of volatile oil in A. villosum, which suggested that AvDXR might play a more influential role in monoterpene precursor biosynthesis than AvDXS. The role of AvDXS in other isoprenoid biosynthesis, especially the primary isoprenoid biosynthesis remained to be investigated.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».