Abstract 398: Genome-wide comparison of matched canine osteosarcoma primary tumours and metastases by array comparative genomic hybridization.
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Canine osteosarcoma is a common and highly aggressive cancer that shares many characteristics with human osteosarcoma and can serve as a model of this disease. We collected snap frozen normal muscle, primary appendicular skeleton tumour, and matched terminal lung metastases from 8 canine osteosarcoma patients. DNA was isolated from these samples and gene copy number aberrations were assessed using high-resolution oligonucleotide array comparative genomic hybridization (Agilent G3 Canine 180k array). Data analysis was performed using Agilent Genomic Workbench 5.0 analysis software and the Aberration Detection Method 2 and Circular Binary Segmentation algorithms were applied to identify aberrant chromosomal intervals with the log2 ratio threshold set to 0.5. As expected, many cases had copy number aberrations that contain genes commonly altered in canine and human osteosarcoma, including MYC, CDKN2A/CDKN2B, PTEN, p53, and RB. To assess the degree of genomic similarity of the 8 primary tumours to their corresponding metastasis, we used these same samples to generate 8 random pairings of unmatched primaries and metastases, as well as 8 random pairs of primary tumours and 8 random pairs of metastases. A set of 11,000 random 10 base pair segments spanning the entire genome was generated and a correlation analysis was conducted between pairs of samples using the log2 ratios for each segment. Matched samples showed significant correlation with the square of the correlation coefficient (R2) being 0.44 (p<0.05), whereas unmatched primaries and metastases, random pairs of primaries, and random pairs of metastases did not show any significant correlation (R2= 0.08, 0.08, and 0.06 respectively, p>0.05 for each). Thus, as a group, primary tumours are genomically more similar to their corresponding metastasis than to unmatched metastases, and are also more similar than primary tumours or metastases are to each other. However, the range of similarity between matched primaries and metastases was relatively wide, with half the cases showing very high similarity and half showing moderate similarity that was close to the upper range of unmatched samples. These results have implications for therapies that rely on analysis of primary tumours to derive strategies that target metastases. Citation Format: Jonathan H W Liu, Yang Washington Shao, Sam D. Molyneux, Rama Khokha, Geoffrey A. Wood. Genome-wide comparison of matched canine osteosarcoma primary tumours and metastases by array comparative genomic hybridization. [abstract]. In: Proceedings of the 104th Annual Meeting of the American Association for Cancer Research; 2013 Apr 6-10; Washington, DC. Philadelphia (PA): AACR; Cancer Res 2013;73(8 Suppl):Abstract nr 398. doi:10.1158/1538-7445.AM2013-398
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».