Extremely Reduced Levels of Heterozygosity in the Vertebrate Pathogen Encephalitozoon cuniculi
Pourquoi ce travail est dans la base
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Notice bibliographique
Résumé
The genomes of microsporidia in the genus Encephalitozoon have been extensively studied for their minimalistic features, but they have seldom been used to investigate basic characteristics of the biology of these organisms, such as their ploidy or their mode of reproduction. In the present study, we aimed to tackle this issue by mapping Illumina sequence reads against the genomes of four strains of E. cuniculi. This approach, combined with more conventional molecular biology techniques, resulted in the identification of heterozygosity in all strains investigated, a typical signature of a diploid nuclear state. In sharp contrast with similar studies recently performed on a distant microsporidian lineage (Nematocida spp.), the level of heterozygosity that we identified across the E. cuniculi genomes was found to be extremely low. This reductive intraindividual genetic variation could result from the long-term propagation of these strains under laboratory conditions, but we propose that it could also reflect an intrinsic capacity of these vertebrate pathogens to self-reproduce.
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle