The <i>glnAntrBC</i> operon of <i>Herbaspirillum seropedicae</i> is transcribed by two oppositely regulated promoters upstream of <i>glnA</i>
Notice bibliographique
Résumé
Herbaspirillum seropedicae is an endophytic bacterium that fixes nitrogen under microaerophilic conditions. The putative promoter sequences glnAp1 (sigma70-dependent) and glnAp2 (sigma54), and two NtrC-binding sites were identified upstream from the glnA, ntrB and ntrC genes of this microorganism. To study their transcriptional regulation, we used lacZ fusions to the H. seropedicae glnA gene, and the glnA-ntrB and ntrB-ntrC intergenic regions. Expression of glnA was up-regulated under low ammonium, but no transcription activity was detected from the intergenic regions under any condition tested, suggesting that glnA, ntrB and ntrC are co-transcribed from the promoters upstream of glnA. Ammonium regulation was lost in the ntrC mutant strain. A point mutation was introduced in the conserved -25/-24 dinucleotide (GG-->TT) of the putative sigma54-dependent promoter (glnAp2). Contrary to the wild-type promoter, glnA expression with the mutant glnAp2 promoter was repressed in the wild-type strain under low ammonium levels, but this repression was abolished in an ntrC background. Together our results indicate that the H. seropedicae glnAntrBC operon is regulated from two functional promoters upstream from glnA, which are oppositely regulated by the NtrC protein.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».