Structural studies on the folded domain of the human prion protein bound to the Fab fragment of the antibody POM1
Notice bibliographique
Résumé
Prion diseases are neurodegenerative diseases characterized by the conversion of the cellular prion protein PrP(c) into a pathogenic isoform PrP(sc). Passive immunization with antiprion monoclonal antibodies can arrest the progression of prion diseases. Here, the crystal structure of the Fab fragment of an antiprion monoclonal antibody, POM1, in complex with human prion protein (huPrP(c)) has been determined to 2.4 Å resolution. The prion epitope of POM1 is in close proximity to the epitope recognized by the purportedly therapeutic antibody fragment ICSM18 Fab in complex with huPrP(c). POM1 Fab forms a 1:1 complex with huPrP(c) and the measured K(d) of 4.5 × 10(-7) M reveals moderately strong binding between them. Structural comparisons have been made among three prion-antibody complexes: POM1 Fab-huPrP(c), ICSM18 Fab-huPrP(c) and VRQ14 Fab-ovPrP(c). The prion epitopes recognized by ICSM18 Fab and VRQ14 Fab are adjacent to a prion glycosylation site, indicating possible steric hindrance and/or an altered binding mode to the glycosylated prion protein in vivo. However, both of the glycosylation sites on huPrP(c) are positioned away from the POM1 Fab binding epitope; thus, the binding mode observed in this crystal structure and the binding affinity measured for this antibody are most likely to be the same as those for the native prion protein in vivo.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».