Enhanced Kinship Analysis and STR-based DNA Typing for Human Identification in Mass Fatality Incidents: The Swissair Flight 111 Disaster
Notice bibliographique
Résumé
A bioinformatic tool was developed to assist with the victim identification initiative that followed the Swissair Flight 111 disaster. Making use of short tandem repeat (STR) DNA typing data generated with AmpFlSTR Profiler Plus (PP) and AmpFlSTR COfiler(CO) kits, the software systematically compared each available STR genotype with every other genotype. The matching algorithm was based on the search for: (i) direct matches to genotypes derived from personal effects; and (ii) potential kinship associations between victims and next-of-kin, as measured by allele sharing at individual loci. The software greatly assisted parentage analysis by enabling kinship evaluation in situations where complete parentage trios were unavailable and, in some situations, with distantly related relatives. Exclusion of fortuitous kinship associations (FKA) was made possible through the recovery at the disaster site of at least one remains for every sought-after victim, and was incorporated into the kinship software. The data from the 13 combined STR loci produced 6 and 23 times fewer FKAs when compared with PP alone and AmpFlSTR Profiler (PR) alone, respectively. Identification leads or confirmations of identification were obtained for 218 victims for which DNA reference samples (personal effects and kin) had been submitted. Confirmation of an inferred kinship association was sought through frequency and likelihood calculations, as well as corroborative data from other identification modalities. The use of a simple, yet powerful, automated genotype comparison approach and the use of megaplexes with high power of discrimination (PD) values extended considerably the identification capabilities in the case of the Swissair disaster. The DNA typing identification modality proved to be a valuable component of the large arsenal of identification tools deployed in the aftermath of this disaster.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,006 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,004 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».