Abstract 3906: Gene expression profiling of ductal carcinoma in situ reveals novel alterations in the tumor and stromal compartments related to progession and outcome of invasive breast cancer
Notice bibliographique
Résumé
Abstract An increasing number of women are diagnosed with ductal carcinoma in situ (DCIS). DCIS is non-obligate precursor to invasive breast cancer. Mechanisms leading to development and progression of DCIS to invasive breast cancer (IBC) are still largely unknown. When DCIS and IBC coexist in the same lesion, their transcriptional profiles are nearly identical; however, there are very few studies investigating gene expression in pure DCIS. The goal of this study was to compare gene expression profiles of microdissected epithelial and stromal components of pure DCIS and IBC. Epithelium and stroma were laser microdissected from 10 cases of pure DCIS and 10 invasive breast carcinomas. DCIS and IBC were matched with regard to estrogen, progesterone receptor and HER2 expression. Gene expression was analyzed using Affymetrix Human Exon 1.0 ST microarrays. Analyses of gene expression in IBC and DCIS revealed a number of differentially expressed genes in the epithelial (n=211) and stromal (n=143) LCM obtained cells. In the epithelial compartment many of the genes specifically associated with IBC are part of previously described epithelial to mesenchymal transition, metastasis and myoepithelial cell gene expression signatures. Consistent with these findings, gene ontology analyses found overrepresentation of GO Biological Process terms such as ‘cell adhesion’ (44 genes, p = 1.47E-14), ‘extracellular matrix organization’ (16 genes, p = 3.46E-09), ‘skeletal system development’ (22 genes, p = 5.87E-07) and ‘vasculature development’ (14 genes, P = 4.56E-03). Applying differentially expressed epithelial genes to a larger invasive breast cancer dataset showed association with decreased metastasis free and progression free survival. Our study reveals that pure dcis and invasive breast cancer are distinct at the transcriptome level. Future work will show if genes differentially expressed between IBC and pure DCIS may be useful for identifying at the time of diagnosis DCIS patients likely to progress to IBC. Citation Format: {Authors}. {Abstract title} [abstract]. In: Proceedings of the 102nd Annual Meeting of the American Association for Cancer Research; 2011 Apr 2-6; Orlando, FL. Philadelphia (PA): AACR; Cancer Res 2011;71(8 Suppl):Abstract nr 3906. doi:10.1158/1538-7445.AM2011-3906
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».