Stream-dwelling fungal decomposer communities along a gradient of eutrophication unraveled by 454 pyrosequencing
Notice bibliographique
Résumé
Microbial decomposers, especially a fungal group called aquatic hyphomycetes, play a critical role in processing plant litter in freshwaters by increasing its palatability to invertebrate shredders. Traditionally, communities of aquatic hyphomycetes have been assessed through the identification of spores, which misses non-sporulating taxa. Among new technologies, 454 pyrosequencing stands out as most promising for large-scale species identification. However, very few attempts have been made to validate its effectiveness for assessing the diversity of stream-dwelling fungal communities. We attempted to gain greater insight into the diversity of aquatic fungal communities in streams exposed to various degrees of eutrophication by using the 454 pyrosequencing technology. A total of 173,889 ITS2 pyrosequencing reads with hits for fungi were obtained from the 5 investigated streams. The majority of operational taxonomic units (OTUs) belonged to Ascomycota and the identification to the genus level was achieved for 169 OTUs. Of the total, 135,257 reads (ca. 78 %) showed close affinities to aquatic hyphomycete species. Pyrosequencing showed declining fungal diversity in the most eutrophic streams, which was congruent with a reduced diversity found through spore identification. Dominance patterns revealed by connecting representative OTUs to ITS sequences from aquatic hyphomycetes were similar to those determined by traditional spore identification techniques. However, 454 pyrosequencing provided a more comprehensive view of fungal diversity; it captured almost twice as many taxa as spore counts. This study validates the effectiveness of 454 pyrosequencing for surveying the diversity of stream-dwelling fungal decomposer communities. Its application may accelerate the use of these communities for monitoring the integrity of freshwaters.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».