Development, characterization, and transferability to other Solanaceae of microsatellite markers in pepper (<i>Capsicum annuum</i>L.)
Notice bibliographique
Résumé
A novel set of informative microsatellite markers for pepper (Capsicum annuum L.) is provided. Screening of approximately 168 000 genomic clones and 23 174 public database entries resulted in a total of 411 microsatellite-containing sequences that could be used for primer design and functional testing. A set of 154 microsatellite markers originated from short-insert genomic libraries and 257 markers originated from database sequences. Of those markers, 147 (61 from genomic libraries and 86 from database sequences) showed specific and scoreable amplification products and detected polymorphisms between at least 2 of the 33 lines of a test panel consisting of cultivated and wild Capsicum genotypes. These informative markers were subsequently surveyed for allelic variation and information content. The usefulness of the new markers for diversity and taxonomic studies was demonstrated by the construction of consistent phylogenetic trees based on the microsatellite polymorphisms. Conservation of a subset of microsatellite loci in pepper, tomato, and potato was proven by cross-species amplification and sequence comparisons. For several informative pepper microsatellite markers, homologous expressed sequence tag (EST) counterparts could be identified in these related species that also carry microsatellite motifs. Such orthologs can potentially be used as reference markers and common anchoring points on the genetic maps of different solanaceous species.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».