Comparison of integron-linked antibiotic resistance genes in strains of<i>Salmonella</i>spp. isolated from swine in Chile in 2005 and 2008
Notice bibliographique
Résumé
Salmonella spp. isolates obtained from healthy swine in 2008 were analyzed for antibiotic resistance phenotypes and genotypes. The resistance profiles of the 2008 isolates were compared with those of a Salmonella collection isolated from the same geographical area in 2005. The 2008 isolates consisted of strains that were 97% oxytetracycline resistant, 33.3% amoxicillin resistant, 31.8% amoxicillin- plus clavulanic acid resistant, 27.5% trimethoprim-sulfamethoxazole resistant, 17.3% streptomycin resistant, and 7.2% enrofloxacin-ciprofloxacin resistant. The presence of integrons and resistance genes and their topological association in resistant strains was assessed by PCR. The prevalence of class 1 integrons was the highest, at 46.2%, while class 2 integrons were present in 17.9% of the isolates. In strains that harboured class 1 integrons, we identified 3 different gene cassette arrangements; a single class 2 integron arrangement of dfrA1-sat1-aadA1 was found. Comparison of these results with data obtained from the 2005 isolates showed that Salmonella strains resistant to amoxicillin and amoxicillin plus clavulanic acid had clearly emerged over the span of 3 years, along with an increase in the prevalence of class 1 integrons and the acquisition of new gene cassette arrangements. These findings highlight the need for continual monitoring of regional isolates to establish more efficient vigilance programs that can address variations in resistance over short periods of time within the same geographical area.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».