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Enregistrement W2087058916 · doi:10.1371/journal.pone.0002633

Systematic Evaluation of Candidate Blood Markers for Detecting Ovarian Cancer

2008· article· en· W2087058916 sur OpenAlexaff
Chana Palmer, Xiaobo Duan, Sarah Hawley, Nathalie Scholler, Jason D. Thorpe, Rob A. Sahota, May Q. Wong, Andrew Wray, Lindsay Bergan, Charles W. Drescher, Martin McIntosh, Patrick O. Brown, Brad H. Nelson, Nicole Urban

Notice bibliographique

RevuePLoS ONE · 2008
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueOvarian cancer diagnosis and treatment
Établissements canadiensBC Cancer Agency
Organismes subventionnairesNational Cancer InstituteNational Institutes of HealthCanary FoundationHoward Hughes Medical Institute
Mots-clésOvarian cancerMedicineCancerOncologyBioinformaticsComputational biologyBiologyInternal medicine

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

BACKGROUND: Epithelial ovarian cancer is a significant cause of mortality both in the United States and worldwide, due largely to the high proportion of cases that present at a late stage, when survival is extremely poor. Early detection of epithelial ovarian cancer, and of the serous subtype in particular, is a promising strategy for saving lives. The low prevalence of ovarian cancer makes the development of an adequately sensitive and specific test based on blood markers very challenging. We evaluated the performance of a set of candidate blood markers and combinations of these markers in detecting serous ovarian cancer. METHODS AND FINDINGS: We selected 14 candidate blood markers of serous ovarian cancer for which assays were available to measure their levels in serum or plasma, based on our analysis of global gene expression data and on literature searches. We evaluated the performance of these candidate markers individually and in combination by measuring them in overlapping sets of serum (or plasma) samples from women with clinically detectable ovarian cancer and women without ovarian cancer. Based on sensitivity at high specificity, we determined that 4 of the 14 candidate markers--MUC16, WFDC2, MSLN and MMP7--warrant further evaluation in precious serum specimens collected months to years prior to clinical diagnosis to assess their utility in early detection. We also reported differences in the performance of these candidate blood markers across histological types of epithelial ovarian cancer. CONCLUSIONS: By systematically analyzing the performance of candidate blood markers of ovarian cancer in distinguishing women with clinically apparent ovarian cancer from women without ovarian cancer, we identified a set of serum markers with adequate performance to warrant testing for their ability to identify ovarian cancer months to years prior to clinical diagnosis. We argued for the importance of sensitivity at high specificity and of magnitude of difference in marker levels between cases and controls as performance metrics and demonstrated the importance of stratifying analyses by histological type of ovarian cancer. Also, we discussed the limitations of studies (like this one) that use samples obtained from symptomatic women to assess potential utility in detection of disease months to years prior to clinical detection.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,009
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,016
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Revue systématique · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,009
Score d'incertitude au seuil0,050

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0090,016
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0020,001
Bibliométrie0,0060,004
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0010,000
Science ouverte0,0010,001
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,089
Tête enseignante GPT0,300
Écart entre enseignants0,210 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeRevue systématique
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations84
Publié2008
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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