A Picea abies Linkage Map Based on SNP Markers Identifies QTLs for Four Aspects of Resistance to Heterobasidion parviporum Infection
Notice bibliographique
Résumé
A consensus linkage map of Picea abies, an economically important conifer, was constructed based on the segregation of 686 SNP markers in a F1 progeny population consisting of 247 individuals. The total length of 1889.2 cM covered 96.5% of the estimated genome length and comprised 12 large linkage groups, corresponding to the number of haploid P. abies chromosomes. The sizes of the groups (from 5.9 to 9.9% of the total map length) correlated well with previous estimates of chromosome sizes (from 5.8 to 10.8% of total genome size). Any locus in the genome has a 97% probability to be within 10 cM from a mapped marker, which makes the map suited for QTL mapping. Infecting the progeny trees with the root rot pathogen Heterobasidion parviporum allowed for mapping of four different resistance traits: lesion length at the inoculation site, fungal spread within the sapwood, exclusion of the pathogen from the host after initial infection, and ability to prevent the infection from establishing at all. These four traits were associated with two, four, four and three QTL regions respectively of which none overlapped between the traits. Each QTL explained between 4.6 and 10.1% of the respective traits phenotypic variation. Although the QTL regions contain many more genes than the ones represented by the SNP markers, at least four markers within the confidence intervals originated from genes with known function in conifer defence; a leucoanthocyanidine reductase, which has previously been shown to upregulate during H. parviporum infection, and three intermediates of the lignification process; a hydroxycinnamoyl CoA shikimate/quinate hydroxycinnamoyltransferase, a 4-coumarate CoA ligase, and a R2R3-MYB transcription factor.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».