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Enregistrement W2087852682 · doi:10.1371/journal.pone.0086968

Activation of Duck RIG-I by TRIM25 Is Independent of Anchored Ubiquitin

2014· article· en· W2087852682 sur OpenAlexafffund
Domingo Miranzo-Navarro, Katharine E. Magor

Notice bibliographique

RevuePLoS ONE · 2014
Typearticle
Langueen
DomaineImmunology and Microbiology
Thématiqueinterferon and immune responses
Établissements canadiensUniversity of Alberta
Organismes subventionnairesCanadian Institutes of Health Research
Mots-clésRIG-IUbiquitinBiologyUbiquitin ligaseInnate immune systemCell biologyMDA5Signal transducing adaptor proteinInterferonSignal transductionGeneGeneticsRNAImmune systemRNA interference

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Retinoic acid inducible gene I (RIG-I) is a viral RNA sensor crucial in defense against several viruses including measles, influenza A and hepatitis C. RIG-I activates type-I interferon signalling through the adaptor for mitochondrial antiviral signaling (MAVS). The E3 ubiquitin ligase, tripartite motif containing protein 25 (TRIM25), activates human RIG-I through generation of anchored K63-linked polyubiquitin chains attached to lysine 172, or alternatively, through the generation of unanchored K63-linked polyubiquitin chains that interact non-covalently with RIG-I CARD domains. Previously, we identified RIG-I of ducks, of interest because ducks are the host and natural reservoir of influenza viruses, and showed it initiates innate immune signaling leading to production of interferon-beta (IFN-β). We noted that K172 is not conserved in RIG-I of ducks and other avian species, or mouse. Because K172 is important for both mechanisms of activation of human RIG-I, we investigated whether duck RIG-I was activated by TRIM25, and if other residues were the sites for attachment of ubiquitin. Here we show duck RIG-I CARD domains are ubiquitinated for activation, and ubiquitination depends on interaction with TRIM25, as a splice variant that cannot interact with TRIM25 is not ubiquitinated, and cannot be activated. We expressed GST-fusion proteins of duck CARD domains and characterized TRIM25 modifications of CARD domains by mass spectrometry. We identified two sites that are ubiquitinated in duck CARD domains, K167 and K193, and detected K63 linked polyubiquitin chains. Site directed mutagenesis of each site alone, does not alter the ubiquitination profile of the duck CARD domains. However, mutation of both sites resulted in loss of all attached ubiquitin and polyubiquitin chains. Remarkably, the double mutant duck RIG-I CARD still interacts with TRIM25, and can still be activated. Our results demonstrate that anchored ubiquitin chains are not necessary for TRIM25 activation of duck RIG-I.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesCharge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,005
Score d'incertitude au seuil1,000

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,023
Tête enseignante GPT0,223
Écart entre enseignants0,200 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations41
Publié2014
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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