Carbon Monoxide Binding to Copper-Containing Nitrite Reductase from <i>Alcaligenes faecalis</i>
Notice bibliographique
Résumé
To probe the active site of copper-containing nitrite reductase (NiR), the carbonyl derivatives of the wild-type enzyme and the Asp98Asn variant were studied by Fourier transform infrared (FTIR) spectroscopy. CO bound to wild-type NiR exhibits a single absorption band at 2050 cm -1 (Δν = ∼11 cm -1 ) arising from the C−O stretching mode. This band is not significantly affected by pH change (pH ≤ 8.0) or by H/D exchange. Interestingly, CO bound to the Asp98Asn variant exhibits two C−O stretching frequencies, one located at 2060 cm -1 (A 1 ) and the other at 2041 cm -1 (A 2 ). These two bands are both temperature and pH dependent, and the equilibrium constant K 298 (1.01), Δ H ° (−14(1) kJ/mol), and Δ S ° (−45(4) J/mol) for the A 1 ⇌ A 2 equilibrium (pH 7.0) were determined. In addition, H/D exchange results in a ∼2 cm -1 shift of CO to the red for A 2 but not A 1 . On the basis of these results and the X-ray crystal structure of NiR, we conclude that the single band at 2050 cm -1 observed in wild-type NiR is a single, non-hydrogen-bonded C−O stretching mode. The doublet band observed in the Asp98Asn variant indicates that the bound CO occupies two orientations and suggests that the orientation corresponding to band A 2 participates in hydrogen bonding. These results indicate a role for Asp98 in controlling the orientation and dynamics of ligand binding to the copper center. Implications concerning previous mechanistic arguments arising from analysis of the three-dimensional structure of the enzyme are discussed.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».