Carbon Monoxide Binding to Copper-Containing Nitrite Reductase from <i>Alcaligenes faecalis</i>
Notice bibliographique
Résumé
To probe the active site of copper-containing nitrite reductase (NiR), the carbonyl derivatives of the wild-type enzyme and the Asp98Asn variant were studied by Fourier transform infrared (FTIR) spectroscopy. CO bound to wild-type NiR exhibits a single absorption band at 2050 cm -1 (Δν = ∼11 cm -1 ) arising from the C−O stretching mode. This band is not significantly affected by pH change (pH ≤ 8.0) or by H/D exchange. Interestingly, CO bound to the Asp98Asn variant exhibits two C−O stretching frequencies, one located at 2060 cm -1 (A 1 ) and the other at 2041 cm -1 (A 2 ). These two bands are both temperature and pH dependent, and the equilibrium constant K 298 (1.01), Δ H ° (−14(1) kJ/mol), and Δ S ° (−45(4) J/mol) for the A 1 ⇌ A 2 equilibrium (pH 7.0) were determined. In addition, H/D exchange results in a ∼2 cm -1 shift of CO to the red for A 2 but not A 1 . On the basis of these results and the X-ray crystal structure of NiR, we conclude that the single band at 2050 cm -1 observed in wild-type NiR is a single, non-hydrogen-bonded C−O stretching mode. The doublet band observed in the Asp98Asn variant indicates that the bound CO occupies two orientations and suggests that the orientation corresponding to band A 2 participates in hydrogen bonding. These results indicate a role for Asp98 in controlling the orientation and dynamics of ligand binding to the copper center. Implications concerning previous mechanistic arguments arising from analysis of the three-dimensional structure of the enzyme are discussed.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».