Control of Template Positioning during de Novo Initiation of RNA Synthesis by the Bovine Viral Diarrhea Virus NS5B Polymerase
Notice bibliographique
Résumé
The RNA-dependent RNA polymerase of the hepatitis C virus and the bovine viral diarrhea virus(BVDV)is able to initiate RNA synthesis denovo in the absence of a primer. Previous crystallographic data have pointed to the existence of a GTP-specific binding site (G-site) that is located in the vicinity of the active site of the BVDV enzyme. Here we have studied the functional role of the G-site and present evidence to show that specific GTP binding affects the positioning of the template during de novo initiation. Following the formation of the first phosphodiester bond, the polymerase translocates relative to the newly synthesized dinucleotide, which brings the 5'-end of the primer into the G-site, releasing the previously bound GTP. At this stage, the 3'-end of the template can remain opposite to the 5'-end of the primer or be repositioned to its original location before RNA synthesis proceeds. We show that the template can freely move between the two locations, and both complexes can isomerize to equilibrium. These data suggest that the bound GTP can stabilize the interaction between the 3'-end of the template and the priming nucleotide, preventing the template to overshoot and extend beyond the active site during de novo initiation. The hepatitis C virus enzyme utilizes a dinucleotide primer exclusively from the blunt end; the existence of a functionally equivalent G-site is therefore uncertain. For the BVDV polymerase we showed that de novo initiation is severely compromised by the T320A mutant that likely affects hydrogen bonding between the G-site and the guanine base. Dinucleotide-primed reactions are not influenced by this mutation, which supports the notion that the G-site is located in close proximity but not at the active site of the enzyme.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».