Phylogenetic incongruence arising from fragmented speciation in enteric bacteria
Notice bibliographique
Résumé
Evolutionary relationships among species are often assumed to be fundamentally unambiguous, where genes within a genome are thought to evolve in concert and phylogenetic incongruence between individual orthologs is attributed to idiosyncrasies in their evolution. We have identified substantial incongruence between the phylogenies of orthologous genes in Escherichia, Salmonella, and Citrobacter, or E. coli, E. fergusonii, and E. albertii. The source of incongruence was inferred to be recombination, because individual genes support conflicting topology more robustly than expected from stochastic sequence homoplasies. Clustering of phylogenetically informative sites on the genome indicated that the regions of recombination extended over several kilobases. Analysis of phylogenetically distant taxa resulted in consensus among individual gene phylogenies, suggesting that recombination is not ongoing; instead, conflicting relationships among genes in descendent taxa reflect recombination among their ancestors. Incongruence could have resulted from random assortment of ancestral polymorphisms if species were instantly created from the division of a recombining population. However, the estimated branch lengths in alternative phylogenies would require ancestral populations with far more diversity than is found in extant populations. Rather, these and previous data collectively suggest that genome-wide recombination rates decreased gradually, with variation in rate among loci, leading to pluralistic relationships among their descendent taxa.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,008 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,002 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,002 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».