Dynamics of acquisition and loss of carriage of Staphylococcus aureus strains in the community: The effect of clonal complex
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: Staphylococcus aureus nasal carriage increases infection risk. However, few studies have investigated S. aureus acquisition/loss over >1 year, and fewer still used molecular typing. METHODS: 1123 adults attending five Oxfordshire general practices had nasal swabs taken. 571 were re-swabbed after one month then every two months for median two years. All S. aureus isolates were spa-typed. Risk factors were collected from interviews and medical records. RESULTS: 32% carried S. aureus at recruitment (<1% MRSA). Rates of spa-type acquisition were similar in participants S. aureus positive (1.4%/month) and negative (1.8%/month, P = 0.13) at recruitment. Rates were faster in those carrying clonal complex (CC)15 (adjusted (a)P = 0.03) or CC8 (including USA300) (aP = 0.001) at recruitment versus other CCs. 157/274 (57%) participants S. aureus positive at recruitment returning ≥ 12 swabs carried S. aureus consistently, of whom 135 carried the same spa-type. CC22 (including EMRSA-15) was more prevalent in long-term than intermittent spa-type carriers (aP = 0.03). Antibiotics transiently reduced carriage, but no other modifiable risk factors were found. CONCLUSIONS: Both transient and longer-term carriage exist; however, the approximately constant rates of S. aureus gain and loss suggest that 'never' or truly 'persistent' carriage are rare. Long-term carriage varies by strain, offering new explanations for the success of certain S. aureus clones.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,008 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,004 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».