Plasmid-Mediated Penicillin and Tetracycline Resistance Among Neisseria gonorrhoeae Isolates in South Africa: Prevalence, Detection and Typing Using a Novel Molecular Assay
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: To detect and type plasmids responsible for penicillin and tetracycline resistance in Neisseria gonorrhoeae isolates using a novel duplex polymerase chain reaction (PCR) assay. METHODS: A duplex PCR assay, to detect and type penicillinase-producing N. gonorrhoeae (PPNG), and plasmid-mediated tetracycline resistant N. gonorrhoeae (TRNG), was developed on the basis of published single assays. Gonococcal Isolate Surveillance Project control strains were used in assay development and then 209 consecutive N. gonorrhoeae isolates, collected from men with urethral discharge in 2008, were tested. Controls included Asia, Africa, and Toronto β-lactamase plasmids, as well as American and Dutch TRNG plasmids. PCR amplicons were detected using an Agilent 2100 Bioanalyzer. Minimum inhibitory concentrations (MIC) were determined with E tests. Penicillinase production was detected using Nitrocefin solution. RESULTS: Among 209 gonococcal isolates, 54 (25.8%) PPNG and 154 (73.3%) TRNG were detected. The MIC50 and MIC90 values were determined for penicillin (0.19 and 32 mg/L) and tetracycline (6 and 16 mg/L). The assay detected the Africa-type (35.2%), the Toronto-type (44.4%), and a new type (20.3%) of β-lactamase plasmid. The American-type TRNG plasmid was 3-fold more frequent as compared with the Dutch-type. Although there was no overall association between the detection of PPNG and TRNG plasmids, only American type TRNG contained β-lactamase-encoding plasmids (P < 0.0001). CONCLUSIONS: The prevalence of plasmid-mediated resistance to tetracycline, and to a lesser extent penicillin, is high and neither drug is likely to have any future role in the treatment of gonorrhoea in South Africa. A novel β-lactamase plasmid was detected during the study and requires further characterization.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».