Pharmacogenetic Analysis of INT 0144 Trial: Association of Polymorphisms with Survival and Toxicity in Rectal Cancer Patients Treated with 5-FU and Radiation
Notice bibliographique
Résumé
PURPOSE: We tested whether 18 polymorphisms in 16 genes (GSTP1, COX2, IL10, EGFR, EGF, FGFR4, CCDN1, VEGFR2, VEGF, CXCR2, IL8, MMP3, ICAM1, ERCC1, RAD51, and XRCC3) would predict disease-free survival (DFS), overall survival (OS), and toxicity in the INT0144 trial, which was designed to investigate different postoperative regimens of 5-fluorouracil (5-FU)-based chemoradiation (CRT) in locally advanced rectal cancers: Arm 1 consisted of bolus 5-FU followed by 5-FU protracted venous infusion (PVI) with radiotherapy; arm 2 was induction and concomitant PVI 5-FU with radiotherapy and arm 3 was induction and concomitant bolus 5-FU with radiotherapy. EXPERIMENTAL DESIGN: DNA from 746 stage II/III rectal patients enrolled in the Southwest Oncology Group (SWOG) S9304 phase III trial was analyzed. Genomic DNA was extracted from formalin-fixed, paraffin-embedded (FFPE) tumor tissue. The polymorphisms were analyzed using direct DNA-sequencing or polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism (PCR-RFLP). RESULTS: GSTP1-Ile105Val (rs1695) was significantly associated with DFS and OS and its effect did not vary by treatment arm. The five-year DFS and OS were 53% and 58%, respectively, for G/G, 66% and 72% for G/A, and 57% and 66% for A/A patients. In arm 2, IL8-251A/A genotype (rs4073) was associated with a lower risk of toxicities (P = 0.04). The VEGFR2 H472Q Q/Q genotype (rs1870377) was associated with a higher risk of grade 3-5 proximal upper gastrointestinal tract (PUGIT) mucositis (P = 0.04) in arm 2. However, in arm 1, this genotype was associated with a lower risk of PUGIT mucositis (P = 0.004). CONCLUSION: rs1695 may be prognostic in patients with rectal cancer treated with adjuvant CRT. rs4073 and rs1870377 may exhibit different associations with toxicity, according to the 5-FU schedule.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».