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Enregistrement W2088418525 · doi:10.1139/v01-112

An analysis of the hydration thermodynamics of the CONH group

2001· article· en· W2088418525 sur OpenAlexvenueno aff
Giuseppe Graziano

Notice bibliographique

RevueCanadian Journal of Chemistry · 2001
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueProtein Structure and Dynamics
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésChemistryThermodynamicsEnthalpyHeat capacityExcluded volumeAtmospheric temperature rangeHydrogen bondMoleculeOrganic chemistryPolymer

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

The hydration thermodynamics of the CONH group play a fundamental role for the stability of the native conformation of globular proteins, but cannot be measured in a direct manner. The values of the thermodynamic functions have to be extracted from experimental measurements on model compounds using group additivity approaches. The estimates determined by Makhatadze and Privalov in the temperature range 5–100°C are used in the present study in view of their qualitative reliability. They are analyzed by means of a suitable approach that couples scaled particle theory calculations with the application of the modified Muller's model. It results that the negative entropy change is caused by the excluded volume effect for cavity creation, exaggerated in liquid water by the small size of water molecules themselves; the negative enthalpy change is determined by the H-bond energetics, formation of CONH–water H-bonds, and reorganization of water–water H-bonds. The negative heat capacity change, a striking feature of CONH hydration thermodynamics, is because the H-bonds in the hydration shell of the CONH group are less broken than those in bulk water in the temperature range examined.Key words: peptide group, hydration, excluded volume effect, H-bonds, two-state model, negative heat capacity change.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,001
Score d'incertitude au seuil0,004

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,003
Tête enseignante GPT0,195
Écart entre enseignants0,192 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations6
Publié2001
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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