Synthesis of three tethered trisaccharides to probe entropy contributions in carbohydrate—protein interactions
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Crystal structure data show that the branched trisaccharide 1 constitutes the complete antigenic determinant of the Salmonella serogroup B antigen that is recognized by monoclonal antibody SE155.4. In an effort to characterize the entropic costs associated with immobilization of glycosidic torsional angles in the bound state, three distinct intramolecularly tethered analogues of this trisaccharide 2‐4 have been synthesized. Two trisaccharides are tethered by a methylene acetal via the O‐2 position of the 3,6‐dideoxy‐hexose, abequose to either O‐2 of galactose ( 2 ) or O‐4 of mannose ( 3 ). The third tether, α,α′‐di‐thio‐ p ‐xylene, spans the C‐6 atoms of the mannose and galactose residues to create trisaccharide 4 . The acetal tethers of 2 and 3 span hydroxyl centers that are known to be involved in intramolecular sugar‐sugar hydrogens bonds, but both trisaccharides are biologically inactive due to distorted conformations that cannot be accommodated in the antibody binding site. Trisaccharide 4 is active since both hydroxymethyl groups of galactose and mannose are solvent exposed in the bound state and the constrained conformation of 4 is virtually superimposable on the bound conformation of 1 . Despite the retained complimentary and significant reduction of torsional flexibility, trisaccharide 4 exhibits a Δ G ° = ‐7.6 kcal mol −1 compared to Δ G ° = ‐7.1 kcal mol −1 for 1 . The modest free energy gain for the tethered trisaccharide 4 arises from a small entropy gain (TΔΔ S = 0.3 kcal mol −1 ) and an even smaller enthalpic change (ΔΔ H = ‐0.2 kcal mol −1 ).
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,007 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».