Phosphoproteomics—finally fulfilling the promise?
Notice bibliographique
Résumé
Networks of protein-protein and protein-metabolite interactions are commonly found in biological systems where signals must be passed from one location or component within a cell to another, such as from a receptor on the plasma membrane to a transcription factor in the nucleus. Regulation of such networks, or signal transduction pathways, is often achieved by transient, reversible modification of the components involved. Several types of post-translational modifications of proteins are employed in signal transduction including ubiquitylation of lysines and palmitoylation of cysteines, but by far the best appreciated and apparently the most important involves phosphorylation of serine, threonine and tyrosine residues. Whilst protein phosphorylation has long been recognized as functionally important, low stoichiometry has ultimately impeded global analyses (phosphoproteomics). Recent developments in the application of metal oxide chromatography and advanced mass spectrometric techniques have enabled phosphoproteomics to move beyond mere proof-of-principle experiments, to the stage where it can successfully address complex biological questions. Here we cover the development of phosphopeptide/protein analysis by mass spectrometry and the various techniques used to enrich phosphopeptides/proteins. We also speculate on the future of phosphoproteomic research, now that the goal of generating global phosphoproteomic datasets has been realized.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,004 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,003 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,003 |
| Communication savante | 0,003 | 0,009 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,002 |
| Intégrité de la recherche | 0,004 | 0,005 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,005 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».