Genome wide gene-expression analysis of facultative reproductive diapause in the two-spotted spider mite Tetranychus urticae
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: Diapause or developmental arrest, is one of the major adaptations that allows mites and insects to survive unfavorable conditions. Diapause evokes a number of physiological, morphological and molecular modifications. In general, diapause is characterized by a suppression of the metabolism, change in behavior, increased stress tolerance and often by the synthesis of cryoprotectants. At the molecular level, diapause is less studied but characterized by a complex and regulated change in gene-expression. The spider mite Tetranychus urticae is a serious polyphagous pest that exhibits a reproductive facultative diapause, which allows it to survive winter conditions. Diapausing mites turn deeply orange in color, stop feeding and do not lay eggs. RESULTS: We investigated essential physiological processes in diapausing mites by studying genome-wide expression changes, using a custom built microarray. Analysis of this dataset showed that a remarkable number, 11% of the total number of predicted T. urticae genes, were differentially expressed. Gene Ontology analysis revealed that many metabolic pathways were affected in diapausing females. Genes related to digestion and detoxification, cryoprotection, carotenoid synthesis and the organization of the cytoskeleton were profoundly influenced by the state of diapause. Furthermore, we identified and analyzed an unique class of putative antifreeze proteins that were highly upregulated in diapausing females. We also further confirmed the involvement of horizontally transferred carotenoid synthesis genes in diapause and different color morphs of T. urticae. CONCLUSIONS: This study offers the first in-depth analysis of genome-wide gene-expression patterns related to diapause in a member of the Chelicerata, and further adds to our understanding of the overall strategies of diapause in arthropods.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».