Function-Biased Choice of Additives for Optimization of Protein Crystallization: The Case of the Putative Thioesterase PA5185 from <i>Pseudomonas aeruginosa</i> PAO1
Notice bibliographique
Résumé
The crystal structure of PA5185, a putative thioesterase from Pseudomonas aeruginosa strain PAO1, was solved using multi-wavelength anomalous diffraction to 2.4 Å. Analysis of the structure and information about the putative function of the protein were used to optimize crystallization conditions. The crystal growth was optimized by applying additives with chemical similarity to a fragment of a putative PA5185 substrate (CoA or its derivative). Using new crystallization conditions containing this function-biased set of additives, several new crystal forms were produced and structures of three of them (in three different space groups) were determined. One of the new crystal forms had an improved resolution limit of 1.9 Å, and another displayed an alternative conformation of the highly-conserved loop containing Asn26, which could play a physiological role. Surprisingly, none of the additives were ordered in the crystal structures. Application of function-biased additives could be used as a standard optimization protocol for producing improved diffraction, or new crystal forms, which may lead to better understanding of the biological functions of proteins.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».