Abstract B12: A novel gene signature associated with response to adoptively transferred T cells in a mouse model of breast cancer
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Introduction: Adoptive T cell therapy involves the infusion of large numbers of activated, tumor-reactive T cells. In clinical trials, this method often results in mixed responses, wherein some tumor nodules respond while others do not, indicating that the local tumor environment is a critical determinant of response. Aim: We sought to identify a gene expression signature associated with sensitivity of mammary tumors to adoptive T cell therapy in a mouse model of breast cancer. Materials and Methods: A transgenic mouse model was used to derive a panel of mammary tumor lines expressing an ovalbumin-tagged version of the HER-2/neu oncogene. Within the panel were tumor lines that reproducibly underwent complete regression (CR), partial regression (PR), or progressive disease (PD) after adoptive transfer of naive, ovalbumin-specific CD4+ (OT-II) and CD8+ (OT-I) T cells. Six representative tumors representing three outcome groups (CR, PR, and PD) underwent Affymetrix gene expression profiling, and results were validated by quantitative PCR. Results: Gene expression profiling identified four biological pathways associated with outcome following adoptive immunotherapy: leukocyte extravasation, extracellular matrix receptor, GM-CSF receptor, and LXR/RXR receptor pathways. From these pathways, 32 genes that ranked highest for discriminating CR and PD were chosen for further study. The tight junction protein Claudin 4 was expressed at high levels in PD tumors, intermediate levels in PR tumors, and low levels in CR tumors. By contrast, expression levels of the secreted extracellular matrix protein Reelin and the pro-inflammatory cytokine IL-18 were higher in CR tumors compared to PR and PD tumors. Conclusions: Pathways related to cell junctions, extracellular matrix and inflammation influence the response of mammary tumors to adoptively transferred T cells. Currently, we are modulating expression of these and other genes in mammary tumors to identify regulatory nodes that determine outcome and are amenable to therapeutic intervention. Funding: Canadian Institutes for Health Research, Michael Smith Foundation, BC Cancer Foundation Citation Information: Clin Cancer Res 2010;16(7 Suppl):B12
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».